Nakon pada Bosanskog Broda, bitno se smanjuje intenzitet ratovanja na ovom području, pa grad, Bolnica kao i cijeli Medicinski centar počimaju ponovno raditi u mirnijim okolnostima. Do kraja 1992. postupno se preseljavalo u normalne prostore unutar Bolnice i većina ambulanti vratila se na rad u svoje uobičajene okolnosti. Jedino Medicina rada nije mogla početi s radom u gotovo potpuno uništenoj zgradi, a Školska medicina je radila u zgradi koja je teško oštećena, pa to nisu bili ni približno normalni uvjeti za rad. U Bolnici je poseban problem bio što je hitno trebalo popravljati gotovo sve krovove koji su curili i prokišnjavali, ili od direktnih pogodaka kao zgrada ATD-a i Patologije, Neuro-psihijatrije ili od detonacija kao zgrada Kirurgije i zgrada na Plavom polju. Materijalno stanje je bilo vrlo teško i pored velike humanitarne pomoći koja je u Bolnicu stizala svakodnevno.

Cijela 1993. provodi se još uvijek u okvirima Medicinskog centra, a to je ujedno i u materijalnom smislu bila najteža godina u ratu. Strogom štednjom, restrikcijom materijalne potrošnje do kraja godine, uspjelo se namiriti sve dugove, velikim dijelom zahvaljujući i donacijama. Tehnička služba Bolnice popravila je znatan dio oštećenja na zgradama, te sve krovove, tako da ne prokišnjavaju. Tako se do početka 1994. počelo poslovati u normalnijim uvjetima, bez duga. Od siječnja 1994. počeo je funkcionirati novi sustav u zdravstvu Hrvatske sa centraliziranim fondom za zdravstveno osiguranje, a prema Programu ministra prof.dr.sc. Andrije Hebranga, što je znatno popravilo makro-ekonomske okolnosti u kojima je zdravstvo djelovalo, a zdravstveni fond je redovito unutar mjesec dana izvršavao svoje obveze prema zdravstvenim ustanovama. Na taj je način 1. travnja 1994., kada su iz Medicinskog centra nastale tri zdravstvene organizacije, Dom zdravlja, Opća bolnica "Dr. Josip Benčević" i Županijski zavod za javno zdravstvo, dočekan u gotovo normalnim okolnostima, a nove su ustanove mogle početi svoje poslovanje na zdravim osnovama, bez dugova ili značajnih hipoteka rata i ratnih uvjeta.

Rat se ipak osjetio i dalje. Privreda je u gradu slaba, puno je nezaposlenih, puno izbjeglica i prognanika i, naravno, puno posla za bolnice i zdravstvene ustanove. Još uvijek se primaju ranjenici, povremeno i vrlo teški, najčešće iz područja Orašja iz Bosne gdje je rat uz povremena duža ili kraća primirja trajao do kraja 1995. Tijekom 1993. primljeno je 162 ranjenika, tijekom 1994. samo 8, a u 1995. taj broj ponovno raste na 135 ranjenika. Tijekom 1995. broj ranjenika je porastao zbog intenziviranja ratnog sukoba u Posavini oko Orašja, a to je i godina akcija "Bljesak" i "Oluja" koje su definitivno dovele do mira u Hrvatskoj. Ranjenici su primani iz svih dijelova Slavonije i Posavine ali i iz drugih dijelova Hrvatske, ali sada već djelomično ili operativno zbrinuti. Uvjeti za rad u Bolnici bili su normalni, pa to više nije bio težak posao kao u okolnostima u kojima se radilo u 1992.

Zaštita bolničkih zgrada uklonjena je tek 1995. Bolnica je kraj rata dočekala znatno obnovljene opreme i prostora, što je sve učinjeno uglavnom tijekom 1994. i 1995. Već krajem te dvije godine kirurzi i drugi liječnici počeli su sudjelovati sa svojim referatima na mnogobrojnim kongresima u Hrvatskoj ali i izvan nje, u Europi i svijetu. Veliko iskustvo koje su kirurške struke stekle u ratu znatno se odrazilo na napredak svih kirurških struka u Bolnici. Nagli razvoj laparaskopske kirurgije, traumatološke kirurgije, razvoj neurokirurgije, otorinolaringologije teško je bilo i zamisliti prije početka rata ili u ratnim strahotama. Radovi otorinolaringologa, traumatologa, vaskularnih kirurga kao i drugih kirurških struka, objavljeni su u priznatim svjetskim časopisima i primljeni za izlaganje na međunarodnim kongresima.

Jedan jutarnji sastanak na Kirurgiji u prosincu 1992.; slijeva nadesno stoje: dr. Velimir Bano, dr. Tonko Bujas, dr. Zvonimir Hrečkovski, dr. Boris Arsenić - neurokirurg iz Zagreba, dr. Krešimir Raguž, dr. Dragutin Križanović, prim.dr. Stanko Brunčić, dr. Zvonko Medverec - urolog, dr. Ferid Latić, dr. Boris Hrečkovski - u ratnim operacijama načelnik saniteta 108. brigade, dr. Josip Šapina, dr. Dražen Kvesić - specijalizant ortopedije, dr. Boro Grubišić; slijeva nadesno sjede: dr. Vladimir Jerković - šef Kirurgije, prim.dr. Ivica Balen - ravnatelj Medicinskog centra, dr. Dominik Pehar i sestra Jelena Jerković - glavna sestra Kirurgije; na slici nedostaju: dr. Božo Lončar i dr. Darko Pukljak koji su također radili cijelu 1991. i 1992.

Bolnica je iz godine u godinu povećavala posao i u svom bolničkom dijelu ali i u radu Poliklinike. Tako je 1993. radila prosječno sa 460 kreveta dnevno, 1994. s oko 520 kreveta dnevno, a 1995. s oko 550 kreveta dnevno. U stalnom je porastu i broj operacija kao i porast svih usluga u Poliklinici, u prosjeku za oko 20% godišnje. Tijekom te dvije godine uređeni su parkovi u bolničkom krugu, te je ponovno uveden normalan ritam uređivanja i čišćenja svih prostora. Izgrađena su dodatna skladišta i obnovljen je znatan dio zastarjele opreme, ali je isto tako kupljeno i dosta nove opreme koje ranije nije bilo u Bolnici, kao što je npr.: videoendoskopija, laparaskopska oprema na Kirurgiji i Ginekologiji, novi EMG, novi EEG na Neurologiji i Pedijatriji, transkranijalni Doppler na Neuropsihijatriji itd. Tako su zadnje godine rata protekle u normalizaciji ekonomskog poslovanja ustanove uz obnavljanje opreme i uređenje prostora, iako se još uvijek morala raditi i ratna kirurgija, ali sada u potpuno novim uvjetima, bez improvizacije.

Do ljeta 1992. radilo se na sličan način, ali su nakon nekoliko mjeseci intenzivnog rada tijekom 1992. nastupili znaci umora, a bilo je jasno da nema brzog završetka rata. Velike oscilacije u broju ranjenih po mjesecima, danima ili satima, značajka su svih ratnih zbivanja. Bilo je mjeseci s preko 1000 ranjenih u mjesecu, ili dana sa preko 100 ranjenih, ali ipak je najteže kada unutar sat ili dva vremena dođe tridesetak ranjenika koji svi zahtijevaju hitni reanimacijski ili kirurški postupak.

Kadrovsko se stanje tijekom rata nije bitno mijenjalo. Nekoliko je specijalista napustilo Bolnicu tijekom 1993., ali to je nadomješteno novim spcijalizantima i angažiranjem nekoliko novih specijalista. U Bolnici krajem 1995. radi 129 specijalista iz svih grana medicine, te 30 liječnika na specijalizaciji ili obvezatnom liječničkom stažu. Istovremeno imamo oko 500 medicinskih sestara sa SSS i 80 s VŠS, uključujući i inženjere medicinske radiologije i laboratorijske tehničare. Osim toga, u Bolnici radi preko 25 sveučilišno obrazovanih djelatnika drugih struka, kao što su farmaceuti, psiholozi, socijalni radnici, defektolozi, inženjeri medicinske biokemije, ekonomisti, informatičari itd. Od ukupno 1250 djelatnika, 63% su medicinski djelatnici a 37% nemedicinski. Bolnica ugovara svake godine sa Hrvatskim zavodom za zdravstveno osiguranje 576 kreveta, koje popunjava s 96% do 98% kapaciteta.