Bolnica je u Brodu u vrijeme rata radila kao opća bolnica koja je liječila uglavnom civilno stanovništvo, ali je cijelo vrijeme obavljala i ratnu službu. Jezgru Bolnice i dalje, kao i prije rata, čine dva odjela, i to Kirurgija s rodilištem, te Interni odjel sa Zaraznim odsjekom i Odsjekom za tuberkulozu. Ravnatelj bolnice tijekom cijelog rata bio je dr. Aleksandar Krauth, koji je ujedno bio i šef Internog odjela, te stručni nadglednik posla u novoosnovanoj Protuepidemijskoj bolnici.

Početak Drugog svjetskog rata i formiranje Nezavisne Države Hrvatske 10. travnja 1941. doveli su do nove teritorijalne podjele, koja je bila povoljna za Brod i njegovo okruženje. Brod je, naime, postao sjedište Velike župe Posavje, kojoj su pripadala oba Broda, Bijeljina, Brčko, Županja, Derventa i Gradačac. Prema broju stanovnika to je bila najveća velika župa u NDH, 1941. imala je 498398 stanovnika. Promet prema centralnoj Bosni odvijao se samo preko Broda. Teritorijalna podjela u početku nije bitno utjecala na organizaciju zdravstva, jer je zdravstvo centralizirano na nivou države, pa su prema zakonu od 21. travnja 1941. svi državni i privatni liječnici stavljeni na raspolaganje Ministarstvu zdravstva NDH. Ministarstvo zdravstva je tako preuzelo cjelokupnu organizaciju zdravstva, što je potrajalo samo do kraja godine, kada se novom odredbom prenosi dio poslova na župe, koje preuzimanju nadzor nad zdravstvenom službom na svom području, brigu nad uređenjem bolnica, nabavu opreme, raspored kadra. Radi toga se stvara institucija župskog fizika, koji je bio zadužen za obavljanje tih poslova kod župskih vlasti.

Zdravstvenu zaštitu imali su svi osiguranici i članovi njihovih obitelji. Doprinos za zdravstvo iznosio je oko 2 posto mjesečnih primanja zaposlenih. Za liječenje u bolnicama plaćala se participacija, a za vojnike je troškove plaćalo Ministarstvo udružbe.

U gradu stalno radi i Ambulanta podružnice osiguranja radnika kojoj pripada od 3500 do 5000 radnika. U toj su ambulanti radili: dr. Milan Švarić, dr. Antun Pandak, dr. Stjepan Jerković, dr. Ljudmila Berković i dr. Alfons Polak (specijalist za unutarnje bolesti, prije rata je radio kao privatni liječnik, izvršio samoubojstvo 21. travnja 1943.). U Antituberkuloznom dispanzeru, koji je bio u okviru ove ambulante, radili su dr. Zvonko Gunsberger, dr. Ludvig Repe i dr. Marijana Pandak. U Školskoj poliklinici liječilo se oko 2000 đaka. U početku ju je vodio dr. Milenko Kajganović, a kasnije dr. Vitomir Beličević, dok je potkraj rata u njoj radila dr. Ljudmila Berković. Stomatološku službu obavljali su dr. Šimun Kordić i dr. Vilim Vrkljan.

Bolnica je u Brodu za vrijeme rata radila kao opća bolnica, koja je liječila uglavnom civilno stanovništvo, ali je cijelo vrijeme obavljala i ratnu službu. Jezgru Bolnice i dalje, kao i prije rata (odnosno od 1939.), čine dva odjela, i to Kirurgija s rodilištem, te Interni odjel sa Zaraznim odsjekom i Odsjekom za tuberkulozu. Bolnica je imala i priručnu ljekarnu, ali i svoju ekonomiju pa je cijelo vrijeme rata imala kakav-takav trajan izvor hrane (ekonomija se zadržala sve do šezdesetih godina).

Ravnatelj Bolnice je tijekom cijelog rata bio dr. Aleksandar Krauth, koji je ujedno bio i šef Internog odjela, te stručni nadglednik posla u novoosnovanoj Protuepidemijskoj bolnici. Pripreme za gradnju Protu-epidemijske bolnice počele su krajem 1941., kada je počela epidemija pjegavog tifusa (pjegavca) u Bosni. Vojnici i izbjeglice, kao i ostali putnici, prenosili su bolest u krajeve sjeverno od rijeke Save, pa je Ministarstvo zdravstva odlučilo u Brodu osnovati Protuepidemijsku bolnicu, a u Bosanskom Brodu Raskužnu stanicu. U tu svrhu grad je dao prostore Radničkog doma (iz 1912.), koji je bio blizu Bolnice, da se adaptira za potrebe Bolnice. Dr. Milenko Kajganović imenovan je ravnateljem te Bolnice i dobio je zadaću da rukovodi radovima na adaptaciji zgrade za potrebe Bolnice. Radovi su trajali oko 3 mjeseca i bolnica je prve bolesnike primila u proljeće 1942. Planirani kapacitet od 100 kreveta nije ostvaren, ali je Bolnica radila s 80 do 85 kreveta. Kako pjegavi tifus prenosi tjelesna uš (Pedicilus corporis) svi bolesnici pri dolasku su ulazili u svlačionicu, roba se odvajala i bacala u parni kotao, nakon toga slijedilo je šišanje, pranje i dezinfekcija bolesnika, a potom odlazak u krevet. Bolesnički kreveti su bili smješteni u jednu veću i jednu manju dvoranu (kasnije je veća dvorana pregrađena kako bi se mogli primati odvojeno i ženski bolesnici), a na katu je bila mala soba sa 5 kreveta za bolesnike, te kemijski laboratorij i soba upravitelja bolnice. Kako bi se popravila funkcionalnost Bolnice, 1942. grad je dodijelio Bolnici i kuću Josipa Koopa u Zvonimirovoj ulici, pa je tako Bolnica dobila prostor za stanovanje osoblja, prostor za kuhinju, praonicu rublja, šupe za ugljen i drva te trajan izvor vode iz kućnog bunara. Raskužna stanica u Bosanskom Brodu građena je pod stručnim nadzorom šefa Domobranske bolnice, domobranskog potpukovnika dr. Henrika Duffeka, ali pod financijskom kontrolom dr. Kajganovića. Stanica je imala tri barake i parni kotao kako bi se moglo dezinficirati vagone na željezničkoj stanici u Bosanskom Brodu. Kapacitet te stanice bio je 1500 ljudi dnevno. Svi putnici morali su proći kroz Raskužnu stanicu, a bolesnici su odvajani i otpremani u Protuepidemijsku bolnicu.

Glavna se gradska bolnica 1941. počela proširivati. Najprije je Bolnica dobila na uporabu 202 četvorna hvata zemljišta, koje je bilo vlasništvo Srpske pravoslavne općine. Zajedno s tim zemljištem, Bolnici je pripala i kuća pravoslavnog svećenika (današnja zgrada uprave Bolnice), ali Bolnica u ratu nije mogla koristiti tu zgradu jer su je zaposjeli Nijemci. Uoči rata, Zarazni paviljon (sagrađen 1910., današnja zgrada bolničke biblioteke) preuređen je u bolničku kuhinju, a u ljeto iste godine dovršena je dogradnja dvorišnog krila glavne zgrade. Kapaciteti Bolnice povećali su se, pogotovo nakon što su Nijemci u dvorištu podigli zgradu za zbrinjavanje svojih ranjenika. Tako su prvi put u vrijeme rata kapaciteti prešli 100 kreveta, Bolnica je, naime, 1944. raspolagala sa 164 kreveta. Učestali zračni napadi na grad krajem rata izazvali su, na žalost, i oštećenja Bolnice. Tako je 30. srpnja 1944. Bolnica izravno pogođena avionskom bombom, što je izazvalo oštećenja dvorišnih paviljona, bolničke ljekarne, ali i glavne zgrade (tada je srušena ploča s natpisom koja je otkrivena prilikom otvaranja 1. travnja 1898.).

Stalni kadar u Bolnici bili su samo dr. Aleksandar Krauth, kao ravnatelj i voditelj Internog odjela, te dr. Josip Paleček, koji je bio šef Kirurgije. Oni su bili jedini specijalisti. Ostali se kadar često mijenjao, što zbog odlaska u vojsku ili u partizane. Godine 1941. na Kirurgiji su radili dr. Šumanovac, dr. Lugovski (kasnije premješten u Derventu), dr. Kalman. Godine 1942. na istom su odjelu radili: dr. Čoh, dr. Varičak, dr. Walter, dr. Šimunovac i dr. Galina Podzej. Godine 1943. bili su dr. Galina Podzej, dr. Varičak, dr. Milutinović i dr. Cvijeta Ferluga. Godine 1944. dr. Podzej, dr. Milutinović i dr. Podvinec (specijalist za ORL bolesti). Godine 1945. uz dr. Palečeka radili su samo dr. Podvinec i dr. Ferluga (dr. Ferluga je, osim toga, stalno pomagala u radu u Protue-pidemijskoj bolnici). Pri kraju rata na Internom odjelu dr. Krauthu su pomagale u radu dr. Olga Pichler i povremeno dr. Ferluga.

Za cijelo vrijeme trajanja rata, bilo je od 25 do 50 bolesnika na jednog liječnika. Posao se posebice povećao pri kraju rata, kada je, na žalost, bilo i najmanje osoblja. Tako je dnevno obično bilo oko 150 bolesnika o kojima su brinula 3 do 4 liječnika. Kirurgija je u vrijeme rata pravila oko 13500 ambulantnih pregleda i malih intervencija, a operirala oko 3200 bolesnika. Velik dio operacija bile su ratne kirurške intervencije kao: amputacije, podvezivanje krvnih žila, zatvaranje pneumotoraksa ali je bilo i drugih operacija kao npr.: operacije slijepog crijeva, bruha, žuči, a kasnije, nakon dolaska dr. Podvineca, i tonzilektomije, odnosno traheotomije. Prijelomi kostiju obično su se tretirali konzervativno. Transfuziologija još nije bila razvijena, ali je povremeno primjenjivana transfuzija izravno s davatelja na primatelja. Kada bi bili operirani njemački vojnici, tada je dr. Palečeku asistirao njemački liječnik ili obrnuto, a na Internom odjelu Nijemci su imali dvije sobe za liječenje svojih bolesnika. U Privremenoj epidemijskoj bolnici bolnički je liječeno od 500 do 700 bolesnika godišnje s prosječnom smrtnosti 7,7 posto. U gradu tijekom rata rade samo dvije ljekarne, koje obavljaju opskrbu lijekovima. Bolnica je imala svoju ljekarnu za potrebe bolničkog liječenja.